東京で、自分たちが今すべきことを掴んだAqours。
迫るラブライブ！地方予選へ向けて、夏休み中にもかかわらず毎日練習に打ち込む9人。
そんな、一所懸命に頑張るAqoursを見たクラスメイトから、学校のために一緒にできることは無いかと相談される。
自分たちだけではなく、みんな、この町が、学校が、人が大好きなんだと改めて感じた千歌は、ラブライブ！地方予選で、みんなで一緒にステージで歌うことを提案するのだった――。

必死の特訓の甲斐もあって、見事ラブライブ！予選に合格したAqours。
PVの再生数も伸び、ファンから声を掛けられることもあるなど、予想以上の反響に喜ぶメンバーたち。
しかし、Aqoursのスクールアイドルとしての盛り上がりとは裏腹に、あわせて募集していた浦の星女学院の学校説明会への応募人数は、“0”だった。
音ノ木坂を救ったμ’sと自分たちとの違いは一体何なんだろう。
考えても考えても、どうしても答えが見つからない千歌は、もう一度東京に行ってみんなで考えたい、と、再びμ’sが過ごした場所を訪れるのだった――。

自分の大切なものに答えを出すため、ひとり東京のピアノコンクールへと向かう梨子。
残った8人は、引き続きラブライブ！予選へ向けた特訓に精を出す。
練習中、欠けた梨子のポジションの代役として曜が抜擢され、千歌と合わせて踊るも、どうしても上手くいかない。
そして練習後、東京の梨子からの電話に、嬉しそうにはしゃぐ千歌を見て、曜は自分でもうまく説明できない複雑な感情を抱く。
そんな曜の心に気が付いた鞠莉は、鞠莉らしいやり方で曜の本音を引き出すのだった――。

いよいよ夏休み！夏休みといえばラブライブ！
予選大会を突破するために、休み期間を利用した特訓を提案するダイヤ。
しかし、夏休みには海の家の手伝いをしなければならない千歌。
その2つを両立するために、昼間は全員で海の家を手伝い、それ以外の時間で特訓をすることに。
いざ手伝いを始めるも、隣の豪華な海の家にお客を取られ、こちらの海の家は閑古鳥。
ラブライブ！決勝を目指す私たちが、あんなチャラチャラした店に負けるわけにはいかない！と、お客を呼ぶために奮闘する。
そんな中、梨子はある悩みを、ひとり胸の中に抱えるのだった――。

東京での出来事を乗り越えて、もう一度走り始めた千歌たち。自分たちが今できる全力を見てもらうしかない、と、沼津の花火大会からの出演のオファーを受けることに決める。
ダイヤから、学校を休学している3年生の松浦果南が、過去にダイヤ、鞠莉とともにスクールアイドルとして活動していたことを明かされた千歌。
自分が知る果南は、一度失敗をした位で諦めてしまうはずがない、と、果南がスクールアイドルを辞めてしまった本当の理由を調べ始める――。

いよいよ開演した「TOKYO SCHOOL IDOL WORLD」で、スクールアイドル「Saint Snow」の圧倒的なパフォーマンスを見せつけられた千歌たち。
負けじと自分たちの精一杯のパフォーマンスを披露するも、結果は30ユニット中30位。
Aqoursに投票した来場者は“0”だった。
自分たちの前にある大きな壁を目の当たりにしたメンバーは、それぞれにくやしさを募らせる。そんな中、あくまで明るく振る舞う千歌に、曜は「くやしくないの？」とその心の内を問いかけるのだった――。

内浦の魅力を伝えるために作ったPVが人気となり、なんと99位へと一気にランキングが上がったAqours。そんな6人に、東京から、ライブイベント「TOKYO SCHOOL IDOL WORLD」出演の依頼が舞い込む。
華やかな都会に、しかもμ’ｓが過ごした場所に行くことができるとあって、心を躍らせる千歌たち。しかし、そんな6人の気持ちとは裏腹に、メンバーを送り出すダイヤは、ある不安を募らせるのであった。
スクールアイドルとして初めて訪れるTOKYOで、6人を待ちうけるものとは――。

千歌たちの通う私立浦の星女学院が、沼津の高校と統廃合されてしまうというニュースが飛び込み、不安に落ち込むメンバーたち。
そんなメンバーをよそに、音ノ木坂と、μ’ｓと同じ学校のピンチとはりきる千歌は、自分たちが学校を救うのだと早速行動に移す。
まずは、自分たちの住む内浦の魅力をアピールするため、試行錯誤を繰り返してPVを作るも、映像を見た鞠莉から酷評をされてしまう。
そして千歌たちは、鞠莉の言う“この町や学校の魅力”をもう一度探し始めるのだった――。

スクールアイドルとしての活動を始めたものの、なかなかランキングが上がらず、何かもっと目立つようなことをして人気を集めなければいけないのかも、
と悩む千歌たち。
そんな中、入学初日以来学校に来ていなかった1年生の津島善子が学校に姿を見せる。
幼馴染の花丸から、自己紹介の時の自分の醜態を誰も気にしていないと教えられた善子。
普通の高校生になるラストチャンスだと意気込み、花丸に、自分が“堕天使ヨハネ”にならないよう監視してほしいとお願いするが――。

やっとの思いで正式な部としての活動を認められた千歌たち。
部室もゲットして心機一転、1年生の黒澤ルビィと国木田花丸の2人を、改めてスクールアイドル部へとスカウトする。
ルビィは、スクールアイドルへの強い憧れと興味を抱きつつも、スクールアイドルを嫌う姉、ダイヤのことを想い、踏み出せずにいた。
そんなルビィといつも一緒にいた花丸は、ルビィに自分の本当の気持ちに気付いてもらうため、思い切った行動に出る――。

作曲ができるメンバーも加入し、いよいよ本格的な活動に乗り出そうとする3人の前に、学院の新理事長である小原鞠莉が襲来する。
3人を応援しに来たという鞠莉が提示した、人数が足りないスクールアイドル部を部として承認する条件――それは、デビューライブで学院の講堂を満員にすること。
学院の生徒を全員集めても達成できない厳しい条件に、思いつく限りのあらゆる手段を尽くして挑む3人。
がむしゃらに走り始めた3人のデビューライブの行方は果たして――。

音ノ木坂学院からの転校生・桜内梨子をスクールアイドルに誘うも、すげなく断られてしまった千歌。スクールアイドル部に正式入部した曜とともに、ダンスの練習や衣装のアイデア出しなど、スクールアイドルになるための準備を着々と進めつつ、あきらめずに何度も梨子へのスカウトを繰り返す。
そんなある日、梨子の口から内浦へと転校してきた理由が語られる。
梨子が抱える悩みを知った千歌は、ある提案をするのだった――。

静岡県沼津市の海辺の町、内浦にある「私立浦の星女学院」。
そこに通う2年生の高海千歌は、クラスメイトの渡辺 曜と訪れた東京の地で、スクールアイドル「μ’s」の存在を知り、衝撃を受ける。
私も輝きたい――そう強く感じた千歌は、早速スクールアイドル部の設立を目指して部員集めをスタートする。部員集めも上手くいかず、生徒会長の黒澤ダイヤにも反対されるなど、前途多難な中、悩む千歌の前に突然の奇跡が訪れる――。